本苑住持上體下佛法師，師承樹林福慧寺上欽下因老和尚，慈恩宗以及唐密穢跡金剛傳承。體佛法師期許自身，在諸佛菩薩加持下，能在賢首禪苑大開法筵，讓有情無情眾生來體悟如來真實義。

賢首宗系為華嚴宗，又稱賢首宗、法界宗，漢傳佛教的流派之一，此宗以《華嚴經》為所依，故稱為「華（花）嚴宗」。初祖為杜順和尚，但傳統上以龍樹菩薩為初祖。至三祖法藏和尚，武則天封其為賢首國師，故此宗也稱為賢首宗。因該宗發揮「法界緣起」為宗旨，故又稱「法界宗」。

在判教上尊《華嚴經》為最高經典，將釋迦文佛的教法分為：「小」、「始」、「終」、「頓」、「圓」五教，並從《華嚴經》的思想，發展出法界緣起、十玄、四法界、六相圓融的學說，發揮事事無礙的理論。華嚴宗於盛唐時立宗，至武宗會昌毀佛後漸衰，又因其中「頓教」內涵類似禪宗，故華嚴宗之後多與禪宗合流。

慈恩宗系為法相宗，又名唯識宗、慈恩宗、中道宗，屬於瑜伽行唯識學派，為漢傳佛教宗派之一，由玄奘三藏自印度傳入中國，承傳彌勒菩薩所創唯識無境的宗師依次為無著、世親、陳那、護法、戒賢、玄奘、窺基、慧沼、智周。祖庭為陝西大慈恩寺，故又稱慈恩宗。

賢首宗至明萬曆年，傳至25世高原明昱法師，其兼領慈恩宗的傳承。故此後賢首宗與慈恩宗並行傳承。至第40世慧三思元法師，於民國37年來台，將賢首宗兼慈恩宗法脈傳至台灣，駐錫樹林福慧寺，為開山第一代祖師。

自此法脈流源長遠，密宗法續，慧命永延，祖脈弗絕，心地相應，菩提燈明。

穢跡金剛，又稱大權力士神王佛，為釋迦牟尼佛化現之金剛明王，本體為化佛。在佛法修持上，為密教本尊或護法，依漢傳密教、藏傳密教有不同傳承。本禪苑傳承為唐密穢跡金剛。